Regione Lombardia, nel corso degli ultimi anni, ha avviato un profondo cambiamento nella propria attività istituzionale, assumendo progressivamente un ruolo di programmazione, coordinamento e controllo affidando ad altri soggetti il compito di tradurre gli obiettivi in risultati concreti. In questa logica è stato individuato un territorio, quello su cui insistono i Navigli lombardi, come area da governare e di cui sviluppare le potenzialità.
Per far fronte a questa esigenza, nel Dicembre 2003 Regione Lombardia ha costituito - insieme alle Province, i Comuni e le Camere di Commercio di Milano e Pavia ed il Consorzio di Bonifica Est Ticino Villoresi - la Società Consortile Navigli Lombardi.
In seguito hanno aderito alla Società 47 dei 51 comuni rivieraschi (compresi Milano e Pavia).
Navigli Lombardi S.c.a.r.l. costituisce il veicolo con il quale i soci consorziati intendono perseguire finalità di salvaguardia, recupero, gestione e valorizzazione dei 5 Navigli (Grande, Martesana, Pavese, Bereguardo e Paderno) e delle relative pertinenze territoriali.
In particolare, Navigli Lombardi si occupa di:

• Gestione delle attività relative al rilascio delle concessioni di uso delle acque e delle aree demaniali dei Navigli e della riscossione dei relativi canoni;
• Coordinamento dell’esecuzione delle opere di recupero dei Navigli;
• Valorizzazione del patrimonio ambientale, architettonico e culturale;
• Promozione delle attività turistiche, del tempo libero e del marketing territoriale.